本发明公开了一种基于双向水流的水质监测网络多目标优化部署方法，包括：将水域交叉点、关键点位置信息及水流流向组成有向图顶点集合，计算相邻顶点间距离，建模为带权有向图；根据带权有向图进行水力建模，模拟监测区域任意时刻水质污染事件，建立各监测水域段的水力参数；确定优化目标函数；根据多目标粒子群算法进行多目标优化，不断调整粒子移动速度和位置来寻求最优解根据代价函数分别计算两个不同水流方向下的污染平均检测时间和成功检测概率，再根据两个不同水流方向水流的时间占比，计算总的污染平均检测时间和成功检测概率，寻找帕累托前沿为最优解集合。可以实现对双向水流情况下水质监测系统的优化部署，可以根据不同的目标进行优化。